La configuración de aplicaciones por parte del usuario se almacena en los llamados dotfiles (ficheros que empiezan por un punto o dot en inglés).
Es una práctica habitual llevar un seguimiento de estos ficheros con algún sistema de control de versiones (como Git) para llevar cuenta de los cambios y poder sincronizarlos fácilmente en diferentes máquinas.
Típicos ficheros de configuración por programas:
~/.vimrc~/.tmux.conf~/.bash_profile~/.bashrc~/.Xresources~/.config/