MKVToolNix es una colección de herramientas libre y de código abierto diseñada para crear, modificar, inspeccionar y gestionar archivos multimedia en formato Matroska (MKV).

mkvmerge -o "The Faculty (1998) - sin catalan.mkv" --audio-tracks 1,2 "The Faculty (1998).mkv"

Sustituye 1, 2 por los identificadores reales de las pistas de audio que quieras conservar.